מערכת הבקרה היא מרכיב הליבה של מרכז עיבוד אנכי. הוא מקבל פקודות מפעיל ושולט בתנועה של רכיבי מכונה שונים. מערכות בקרה משתמשות בדרך כלל במערכות CNC-בדיוק גבוה, המאפשרות נתיבי עיבוד מורכבים ומיקום מדויק. באמצעות השליטה המדויקת של מערכת הבקרה, מרכזי עיבוד שבבי אנכיים יכולים להשיג עיבוד דיוק- גבוה, ולשפר משמעותית את יעילות הייצור ואיכותו.
